Los restos más antiguos encontrados en este municipio son microlitos y pequeñas piezas de sílex que son frecuentes en el Epipaleolítico y proceden de la Cueva del Águila y del margen sureste de la Sierra Oruña, sobre el río Guadalimar.

Se ha confirmado una densa ocupación para la edad del Bronce. Así cabe entender los casos de la Hortizuela Alta, el Cerro del Pino, o el Cortijo del Sacado a los que se unen el Cerro de los Castellones y seguramente el Cortijo de las Molatas. Se trata de sitios inferiores a 1,5 Ha. y dispuestos a ambos lados del recorrido del río Guadalimar a una altura media entre 700 y 800 m, es decir, relativamente elevados respecto a la base del río. De ellos la Hortizuela Alta, el Cerro del Pino y el Cerro de los Castellones presentan trazas de fortificación, lo que indica que el valle del Guadalimar estuvo muy ocupado hacia el 2.000 a.C., e incluso muy bien defendido de incursiones de otras poblaciones.

En el Cerro del Castillo del Cortijo de las Fuentes, en la ladera sureste de Sierra Oruña, hay restos de una torre. También aquí, se han hallado restos romanos, entre los que destacan fragmentos de terra sigillata . El sitio que pudo alcanzar hasta dos hectáreas y que da muestras de haber estado fortificado se dispuso a mitad de ladera. Seguramente como ocurrió en otras zonas del valle Alto del río Guadalquivir este núcleo pudo ser el punto de partida de una nueva serie de factorías agrarias que a partir del siglo I se extendieron a uno y otro lado del río Guadalimar.

Se trata de las llamadas villae romanas de Cabeza Pelada en el Cortijo de la Viña, de la Huerta Vieja, de la villa de las Viudas o del sitio localizado a menos de un kilómetro del mismo pueblo de Benatae. Seguramente se trataba de casas familiares de labor que como función principal cultivaban las tierras próximas al lecho del río, primando para su ubicación, el factor productivo sobre el estratégico y defensivo.

En esta expansión de la etapa romana se desconoce si el cerro del Castillo llego a ser el centro aglutinador durante el desarrollo de esta expansión o sólo fue en su etapa final un centro agrícola más. Si fue un lugar de superior categoría seria seguramente un vícus, es decir una aldea, en la que se desarrollarían ciertas funciones administrativas.

Lamentablemente se desconoce el lugar exacto del hallazgo de un documento epigráfico funerario dedicado a dos esclavos públicos de gran edad, Maternus de 70 años y Paternus de 96, el último de los cuales era Dispensator, que según González Román y Mangas era un funcionario del fisco encargado de los pagos y que podía encontrarse entre los responsables de la gestión del dominio de una ciudad o de un particular.

En época islámica Benatae debía ser una aldea (qarya), aunque no hay noticias acerca de la misma. El nombre puede tener un origen étnico, ya que bena puede proceder de la partícula beni, que indicaría que fue fundación, o dominio de un grupo tribal. Pero también puede proceder de bina, término que hace referencia a algo construido. Aunque no se sabe el significado exacto del término, parece seguro el origen árabe o beréber de esta población. Una leyenda afirma que un caballero árabe Ibn-Ata, fue el fundador de la villa. Su nombre puede derivar de las palabras árabes Ben Atha, que significan "hijo del agua"; quizás en referencia a las numerosas fuentes que brotan en sus tierras.

En la zona existieron posiblemente otras aldeas semejantes, que quizá, al igual que Benatae, tendrían como lugar de refugio la cercana fortaleza de Cardete, constituyendo un distrito castral, estructura organizativa y en parte administrativa que se generalizó en Al-Andalus, especialmente en las zonas montañosas. El recinto es una construcción trapezoidal irregular con una torre troncopiramidal en el lado menor, muy semejante a otras que existen en Orcera, y que forman un grupo más emparentado con construcciones levantinas que con las andaluzas.

En la crónica de las conquistas de Fernando III no aparece citada la población de Benatae, hecho que atestigua que no era más que una aldea y que no tenía fortificación. No obstante debió ser ocupada entre 1226 y 1242, al mismo tiempo que la mayor parte de la Sierra de Segura. En fecha desconocida fue cedida por Fernando III a la Orden de Santiago. Se da el caso de que aunque esta localidad está situada entre Orcera y Siles, un territorio que pertenecerá a la Encomienda de Segura de la Sierra, no fue adscrita a ésta, sino a la Encomienda Mayor de Castilla. Hay que tener en cuenta que buena parte de esas tierras y poblaciones las conservarán durante bastante tiempo los reyes, la última será Orcera que no pasará a manos de la Orden hasta la cesión realizada por Sancho IV en 1285.

Por ello es posible que la cesión de Benatae se efectuase con motivo del traslado de la Encomienda Mayor a Segura, lo que se hizo entre 1243 y 1245, y que por ello se adscribiese a ésta.

Desde este momento su historia estuvo ligada a la de esta Orden y a la del resto de la comarca de Segura de la Sierra. Perteneció a la Real Chancillería de Granada y al Obispado de Cartagena.

A finales del XIV y principios del XV debía de haberse consolidado su población y tener cierta entidad pues, según se refiere en las "Relaciones" de Felipe II, Benatae fue elevada a Villa por Juan II de Castilla en 1415. En estas fechas había en Benatae un pequeño hospital para pobres y transeúntes. En el siglo XV se inician las obras de la actual Iglesia parroquial de Ntra. Sra. De la Asunción, que finalizarían en el siglo XVIII. Resulta difícil saber la importancia de las rentas que la Orden obtuvo en los siglos siguientes, ya que los únicos datos son de finales del siglo XV y principios del XVI, y para entonces se sabe que la Orden apenas tenía allí propiedades.

En el ámbito económico y productivo destaca su decidida orientación agroganadera. Ya desde mediados del siglo XIX los informes señalan la producción de trigo, cebada, centeno, escaña, maíz, cáñamo, vino, aceite y seda; junto a ello las labores de cría de ganado -aunque poco-, las actividades relacionadas con la caza (liebres, perdices,...) y aquellas otras vinculadas al corte de maderas venían a constituir los ejes referenciales de su imagen productiva. Imagen que se confirma unos años más tarde, a fines del siglo XIX, y en la que nuevamente vuelven a sobresalir, dentro de la superficie dedicada a cultivo, las 1.453 hectáreas destinadas al cereal, las 483 plantadas de olivar, o las 2.436 hectáreas de pastos y monte.

Al margen de ello y en lo que se refiere a aspectos demográficos y sociales, el devenir de la villa de Benatae ha discurrido a lo largo de los años de su Edad Moderna y Contemporánea marcado por el estancamiento poblacional, salpicado de coyunturas de retroceso demográfico, en la mayor parte de este tiempo. Ésto le llevó, ya a principios del siglo XX, a alcanzar la cifra de 863 habitantes. Y es que fue precisamente a partir de estos años cuando el incremento demográfico se hizo notar de una manera evidente alcanzando los 1.538 habitantes en 1950, para disminuir de forma drástica durante la segunda mitad del siglo XX. Hoy día, con el renacimiento de la búsqueda de la calidad de vida y la tranquilidad, Benatae es un magnifico destino para aquellos que deseen alejarse del estrés y el ruido.